Yapay zekâ aracı AlphaFold2'nin tahminlerini halka açık biçimde sunan protein yapısı veritabanı, 24 Eylül'de önemli bir güncelleme aldı: 8 binden fazla virüs protein ikilisi — yani birbiriyle etkileşen molekül çiftleri — veri tabanına eklendi. Üç milyondan fazla kullanıcısı olan bu kaynak, artık bilinen virüs proteinlerinin en az çalışılmış, en ölümcül sınıfını da kapsıyor.

Virüsler neden bu kadar geç dahil oldu? Glasgow Üniversitesi'nden moleküler virolog Joe Grove, virüslerin veri tabanının kör noktası olduğunu söylüyor: Zika ve dang humması gibi flavivirüslerde birçok protein için kaliteli kayıt bile bulunmuyordu. Teknik sebep de ilginç — bazı virüsler çoğalırken RNA'larını önce tek parça uzun bir 'çoklu protein'e çevirip sonra onu makasla parçalara ayırıyor; genetik diziden bir proteinin nerede başlayıp bittiğini okumak bu yüzden zorlaşıyor ve yapı tahminleri eksik kalıyor.

Çok sayıda virüs proteini tek başına değil, ortağıyla el ele çalışır. O el sıkışmanın şeklini bilmek, ilaç tasarımının yarısıdır.

Grove'un ifadesiyle güncellemenin anlamı tam olarak bu: 'Pek çok virüs proteini bireysel davranmaz, ortaklarıyla birlikte çalışır.' Veri tabanına eklenen çiftler, hangi proteinin hangisiyle el sıkıştığını ve bu bağın üç boyutlu şeklini gösteriyor. Bu yılın başında insan, fare ve tüberküloz basilini de kapsayan 20 organizmadan 1,7 milyon protein etkileşiminin eklenmesiyle başlayan karmaşık-protein dönemi, şimdi hastalık dünyasının en hareketli aktörlerine uzandı.

Bunun okur için pratik karşılığı zaman kazancı: Bir virüs proteinine karşı ilaç ya da aşı geliştirmek isteyen ekip, o proteinin yapısını laboratuvarda yıllarca çözmek yerine veri tabanından saniyeler içinde indirip hedefe odaklanabiliyor. Zika'dan kızamık benzeri virüslere uzanan geniş bir hastalık yelpazesinde, sonraki salgına karşı hazırlığın ilk saatleri artık bu tür bir veri tabanı taramasıyla başlayabilir.